S obzirom na to da u organskoj proizvodnji nije dozvoljena upotreba sintetičkih hemijskih preparata, suzbijanje bolesti, štetočina i korova predstavlja najveći problem sa kojim se sreću proizvođači. Korovi se u organskoj poljoprivredi mogu kontrolisati: ručno (okopavanjem, košenjem pre nego korovi proizvedu seme), gajenjem međuuseva, solarizacijom (u toplijim krajevima u toku leta zastiranjem folijom zemljišta u periodu 6-8 nedelja) itd. Bolesti i štetočine se kontrolišu planiranjem i primenom mera opreza kao što su vreme i način sadnje, plodored, izbor zdravog i kontrolisanog sadnog materijala i sorti otpornih na bolesti, primenom komposta, korišćenjem čiste opreme, brzim odlaganjem tj. uklanjanjem bolesnih biljnih ostataka. Dozvoljena je primena određenih sredstava i biopesticida, ali se oni koriste isključivo kad je neophodno. Informacije o ovim sredstvima, kao i njihove komercijalne nazive, proizvođači mogu naći na internetu, dobiti kod savetodavne službe ili sertifikacionog tela.